Der Freundeskreis finanziert die Verleihung der Bernhard-Nocht-Medaille. Die Medaille wurde 1925 von der Vereinigung der Freunde des Tropeninstituts gestiftet. Sie wird inzwischen gemeinsam durch das Bernhard-Nocht-Institut und die Deutsche Gesellschaft für Tropenmedizin und Internationale Gesundheit an Wissenschaftler und Wissenschaftlerinnen in Anerkennung hervorragender Leistungen auf dem Gebiet der Tropenmedizin verliehen. Die Preisträger/innen werden zu einer Feierstunde und einem öffentlichen Vortrag nach Hamburg eingeladen.